แม้ว่าจะมีความคล้ายคลึงด้านโครงสร้าง แต่ซีเอช-53อีนั้นมีเครื่องยนต์ 3 เครื่องที่ทรงพลังกว่าซีเอช-53เอ ซีสตัลเลียนที่มีสองเครื่องยนต์ รุ่นอีนั้นยังมีใบพัดที่ใหญ่กว่าจำนวนเจ็ดใบ

ซีเอช-53อีสามารถบรรทุกทหารได้ 55 นายหรือสินค้าหนัก 13,610 กิโลกรัม และยังสามารถขนส่งภายนอกโดยใช้ตะขอที่รับน้ำหนักได้ 16,330 กิโลกรัม[5] ซูเปอร์สตัลเลียนมีความเร็วประหยัดที่ 278 กิโลเมตรต่อชั่วโมงและพิสัย 1,000 กิโลเมตร[12] มันมีท่อสำหรับเติมเชื้อเพลิงที่ด้านหน้า มันมีปืนกลสามกระบอก หนึ่งกระบอกที่ด้านข้างของประตูทางเข้าสำหรับลูกเรือ หนึ่งกระบอกที่หน้าต่างด้านหลังนักบินผู้ช่วย และอีกหนึ่งกระบอกที่ด้านท้าย[ต้องการอ้างอิง] ซีเอช-53อียังมีเครื่องปล่อยพลุและเป้าล่ออีกด้วย[5]

เอ็มเอช-53อีมีจุดเด่นที่ส่วนเสริมด้านข้างสำหรับเชื้อเพลิงที่มีขนาดใหญ่ขึ้นและสามารถใช้เครื่องกวาดทุ่นระเบิดได้ มันมีระบบต่อต้านทุ่นระเบิดและปืนกลอีกสองกระบอก ระบบควบคุมการบินแบบดิจอตอลของมันถูกออกแบบมาเพื่อใช้เครื่องกวาดทุ่นระเบิดโดยเฉพาะ[5]

การพัฒนาซีเอช-53อีมีทั้งการใช้ระบบมองกลางคืน ปืนกลจีเอยู-21/เอและเอ็ม3พีขนาด 12.7 ม.ม. และอินฟราเรดส่วนหน้ารุ่นเอเอคิว-29เอ[5]

ซีเอช-53อีและเอ็มเอช-53อีเป็นเฮลิคอปเตอร์ที่ใหญ่ที่สุดในโลกตะวันตก ในขณะที่ซีเอช-53เคซึ่งขณะนี้กำลังพัฒนาขึ้นนั้นจะมีขนาดที่ใหญ่กว่า พวกมันเป็นอันดับสามรองจากมิล เอ็มไอ-26 และมิล เอ็มไอ-12 ของรัสเซีย ซึ่งสามารถบรรทุกของได้กว่า 22 ตันและ 44 ตันตามลำดับ